Báez comenzó jugando en el club Tembetary para después pasar al Club Olimpia. Después de un destacado paso ficho por el club japonés Avispa Fukuoka, donde volvió a América epecíficamente a la Universidad de Chile el 1997 para acompañar a Pedro González en la delantera, donde fue goleador ese año de la Primera división chilena
Luego probó suerte en el fútbol mexicano específicamente en el Club América para después volver al Club Olimpia donde fue uno de los pilares en la obtención de la Copa Libertadores 2002 .
Volvió nuevamente a México para jugar en el Atlético Celaya donde después de un paso sin pena ni gloria volvió al país para jugar por el Club 12 de Octubre. Ya en filas del Sportivo Luqueño se retiró del fútbol en 2006.