Son fines prioritarios del Convenio-Marco los siguientes aspectos:
1-Realizar las acciones necesarias para lograr la consolidación como Parque Nacional del Área de Reserva para el Parque Nacional San Rafael.
2-Ejecutar acciones que contribuyan a la preservación y fortalecimiento de la integridad física de los ecosistemas naturales de San Rafael, si están dadas las condiciones materiales y legales.
3-Realizar campañas de concienciación e información sobre la importancia biológica y cultural de la Reserva para el Parque Nacional San Rafael, de acuerdo a la disponibilidad presupuestaria de las partes del presente acuerdo.
4-Cooperar con el control y vigilancia del Área de Reserva para el Parque Nacional San Rafael, si las condiciones legales y materiales así lo permiten, y de acuerdo a la posibilidad de las instituciones partes.
5-Coadyuvar en el monitoreo y control de las deforestaciones en el Área de Reserva para Parque Nacional San Rafael.
6-Impulsar las acciones socio ambientales necesarias para el cumplimiento de los objetivos trazados siempre y cuando no atenten con la organización social, costumbres y leyes tradicionales propias de las comunidades Indígenas.